Lần thứ nhất

Nguyễn Huệ về bắc để lại tướng người Hoa là Lý Tài giữ thành Phú Yên. Tài bất mãn vì mất chức chánh tướng về tay Nguyễn Huệ nên nghe theo lời dụ của Tống Phúc Hiệp, sang hàng Chúa Nguyễn. Tây Sơn lại mất Phú Yên.

Để chia thế quân Nguyễn, tháng 3 năm 1776, Nguyễn Nhạc sai Nguyễn Lữ mang quân theo đường thuỷ vào đánh Gia Định. Nguyễn Phúc Thuần không có quân trong tay nên không chống lại, chạy vào Bà Rịa, Trấn Biên. Nguyễn Lữ chiếm được Gia Định nhưng không lâu sau các tướng Nguyễn là Đỗ Thanh Nhân, Mạc Thiên Tứ, Tống Phúc Hiệp, Lý Tài đang tụ tập dần về Nam Bộ. Nguyễn Lữ liền thu hết kho tàng của Chúa Nguyễn rút về Quy Nhơn.

Tháng 6 năm 1776, Tống Phước Hiệp qua đời, Đỗ Thanh Nhân, thủ lĩnh quân Đông Sơn hiềm khích với Lý Tài, đem quân đến đánh. Nguyễn Phúc Dương lúc đó từ quy Nhơn trốn về, ra lệnh cho Lý Tài rút quân.

Lần thứ hai

Tháng 10 năm 1776, Nguyễn Phúc Dương bỏ trốn từ Quy Nhơn về Gia Định, gọi Lý Tài làm vây cánh. Tài tranh công với Đỗ Thanh Nhân, hai bên đánh nhau. Nhân thua bỏ Gia Định về Ba Giòng. Tài ép Thuần nhường ngôi cho Dương làm Tân chính vương, còn Thuần làm Thái thượng vương.

Tháng 3 năm 1777, Nguyễn Nhạc lại cử Nguyễn Huệ làm tướng mang quân thuỷ vào đánh Gia Định. Lý Tài thua trận bỏ chạy khỏi thành, đưa 2 Chúa Nguyễn về Hóc Môn. Sau Tài rút khỏi Hóc Môn bị Đỗ Thanh Nhân đón đường giết chết. Thuần theo Nhân giữ Tranh Giang, Dương theo tướng Trương Phúc Thận giữ Tài Phụ. Nguyễn Huệ chia đường đánh bại cả hai cánh quân Nguyễn. Thuần và Nhân bỏ chạy về Cần Thơ cầu viện Mạc Thiên Tứ (tướng người Hoa), còn Dương bỏ chạy về Ba Việt (Bến Tre).

Nguyễn Huệ đánh bại Mạc Thiên Tứ. Thuần sai Nhân lẻn ra Bình Thuận cầu cứu Chu Văn Tiếp, Trần Văn Thức. Nguyễn Nhạc nhân lúc Nguyễn Huệ thắng trận ở Nam bộ cũng cử binh đánh Phú Yên, Bình Thuận. Một cánh quân Tây Sơn ở Biên Hoà chặn đánh giết chết Trần Văn Thức. Chu Văn Tiếp bỏ chạy. Nguyễn Nhạc chiếm lại Phú Yên đến Bình Thuận.

Tháng 9 năm 1777, Nguyễn Huệ mang quân bao vây tấn công Ba Việt, bắt sống Nguyễn Phúc Dương và toàn bộ quân tướng. Dương và 18 tướng tuỳ tùng bị đưa về Gia Định xử tử.

Nguyễn Phúc Thuần bại trận bỏ Cần Thơ sang Long Xuyên, định chờ Mạc Thiên Tứ lấy tàu để chạy sang Trung Quốc cầu viện Nhà Thanh nhưng bị quân Tây Sơn đuổi đến nơi, bắt được Thuần mang về Gia Định xử tử tháng 10 năm 1777. Nguyễn Ánh, Đỗ Thanh Nhân và Mạc Thiên Tứ trốn thoát mỗi người một nơi.

Lần thứ ba

Nguyễn Nhạc làm chủ toàn bộ đất đai từ Quảng Nam đến Hà Tiên. Năm 1778, Thành Quy Nhơn sửa xong, nhà vua xưng đế hiệu Minh Ðức Hoàng Ðế, niên hiệu Thái Ðức, không ràng buộc với chính quyền vua Lê Chúa Trịnh ở Bắc Hà nữa. Thành Quy Nhơn đổi tên là Hoàng Ðế Thành.

Nhà vua rước thầy học Trương Văn Hiến về làm quân sư và phong:

• Nguyễn Huệ làm Long Nhương Tướng quân.
• Nguyễn Lữ là Tiết Chế.
• Phan Văn Lân làm Nội Hầu.
• Trần Quang Diệu làm Thiếu Phó.
• Võ Văn Dũng làm Ðại Tư Khấu.
• Võ Ðình Tú làm Thái úy.
• Ngô Văn Sở làm Ðại Tư Mã.
• Bùi Thị Xuân được phong làm Ðại Tướng Quân, tự hiệu là Tây Sơn nữ tướng, quản đốc mọi việc quân dân trong Hoàng Thành và tuần sát vùng Tây Sơn.
• Các tướng khác đều phong Ðô Ðốc và Ðại Ðô Ðốc. Còn bên văn thì phong Võ Xuân Hoài làm Trung Thư Lệnh. Các quan khác đều sắp xếp từ Thị Lang, Thượng Thư đến Ðại Học Sĩ.
• Hai Vua Thủy Xá và Hỏa Xá được phong Vương tước, sai sứ đưa ra những trầm hương, kỳ nam, hổ phách và voi ngựa làm cống vật và nguyện giữ một lòng trung thành với Tây Sơn.

Bok Kiơm không nhận chức tước cũng không nhận tiền của, chỉ xin mỗi năm được nhà vua cấp muối và cá khô để nuôi lòng trung thành của đồng bào Thượng.

Bà họ Trần được rước về Hoàng Ðế Thành phong Chánh Cung Hoàng Hậu. Bà người Thượng được rước về phong Thứ Phi.

Quân số lúc bấy giờ phỏng chừng 15 vạn (150.000) Theo binh chế đời nhà Chu, binh chia làm 6 cấp: Quân, Sư, Lữ, Tốt, Lượng, Ngũ. Ngũ gồm có năm người. Lượng gồm có 5 ngũ tức 25 người. Tốt gồm có 4 lượng tức 100 người. Lữ gồm có 5 tốt, tức 500 người. Sư gồm có 5 lữ, tức 2.500 người. Quân gồm có 5 sư, tức 12.500 người. Tổng số là 12 quân đoàn, có bộ binh và thủy binh. Binh chủng nào cũng tinh nhuệ.

Ðặc biệt nhất là:

• 2 quân đoàn người Thượng, với 2.000 chiến mã.
• 4 lữ đoàn nữ binh, với 100 thớt voi.

Hai quân đoàn người Thượng do Long Nhương Tướng Quân Nguyễn Huệ tổ chức và thường do Long Nhương chỉ huy.

Sau khi Nguyễn Huệ trở về Quy Nhơn, các tướng Nguyễn là Đỗ Thanh Nhân, Chu Văn Tiếp nổi dậy, đón Nguyễn Ánh, con Nguyễn Phúc Luân về lập làm chúa, chiếm lại Gia Định. Được các lực lượng phương Tây như Pháp, Bồ Đào Nha giúp sức, Nguyễn Ánh lại mạnh lên. Năm 1778, vua Thái Đức sai tướng vào đánh nhưng lại bị thua và mất thêm Bình Thuận.

Năm 1781, Nguyễn Ánh sợ uy quyền của Nhân quá lớn nên giết Nhân, lại đem quân đánh ra Bình Khang nhưng bị quân của vua Thái Đức đánh bại. Tháng 3 năm 1782, vua Thái Đức và Nguyễn Huệ mang quân thuỷ bộ nam tiến, phá tan quân Nguyễn, giết chết cai cơ người Pháp là Manuel (Mạn Hoè). Nguyễn Ánh bỏ chạy về Hậu Giang. Chu Văn Tiếp từ Bình Thuận vào cứu bị đánh bại phải co về. Nguyễn Ánh cùng thế sai người sang Xiêm cầu viện.

Vua Thái Đức chiếm lại Nam bộ, sai người giao hảo với Chân Lạp đề nghị hợp tác đánh Nguyễn Ánh. Chân Lạp chia quân đón bắt được đoàn cầu viện Xiêm của Nguyễn Ánh và suýt bắt được ông ta. Nguyễn Ánh phải trốn ra đảo Phú Quốc.

Lần thứ tư

Nguyễn Nhạc rút quân về bắc, Chu Văn Tiếp lại từ Bình Thuận mang quân vào đánh chiếm được Gia Định và đón Nguyễn Ánh trở về. Tháng 2 năm 1783, Nguyễn Nhạc lại sai Nguyễn Huệ, Nguyễn Lữ mang quân nam tiến.

Dù Nguyễn Ánh đã lập tuyến phòng thủ trước vẫn bị quân Tây Sơn phá tan, Nguyễn Ánh bỏ chạy về Đồng Tuyên. Nguyễn Huệ đánh phá Đồng Tuyên, Ánh bỏ chạy ra Hà Tiên rồi trốn ra đảo Phú Quốc.

Tháng 8 năm 1783, quân Tây Sơn truy kích, Nguyễn Ánh chạy một vòng ra các đảo Cổ Long, Cổ Cốt rồi lại quay về Phú Quốc. Quân Tây Sơn vây đánh nhưng lúc đó có bão biển, các thuyền Tây Sơn phải giãn ra, sau 7 ngày đêm lênh đênh trên biển, Ánh thừa cơ lại trốn thoát, chạy hẳn ra đảo Thổ Chu cách xa đất liền rồi đầu năm sau tự mình sang Xiêm La cầu viện.

Ðất Gia Ðịnh đã được hoàn toàn giải phóng, việc phòng thủ đã được tổ chức nghiêm mật, tình hình trong cõi đã tương đối ổn định. Nguyễn Huệ cùng Nguyễn Lữ và Lê Văn Hưng rút quân về Quy Nhơn để Trương Văn Ða cùng một số tướng sĩ ở lại giữ thành Gia Ðịnh. Và khi quân thắng trận về đến Quy Nhơn, Vua Thái Ðức sai thêm hai văn thần là Cao Tắc Tựu và Triệu Ðình Tiệp vào trợ lực.